一般口座と特定口座で行った同一銘柄株式の取引
両口座分を合わせて総平均法又は総平均法に準ずる方法により取得費の計算をしなければならないか？
特定口座内保管上場株式等は、特定口座ごとに他の口座の所得と区分して、その特定口座に係る株式等に係る譲渡所得等の金額を計算します（租税特別措置法37の11の3）。
すなわち、それぞれの口座ごとに取得価額を計算します。
非営利法人のスペシャリスト松井公認会計士のブログ
両口座分を合わせて総平均法又は総平均法に準ずる方法により取得費の計算をしなければならないか？
特定口座内保管上場株式等は、特定口座ごとに他の口座の所得と区分して、その特定口座に係る株式等に係る譲渡所得等の金額を計算します（租税特別措置法37の11の3）。
すなわち、それぞれの口座ごとに取得価額を計算します。